Las Lagunas de Malagón  se alojan en depresiones explosivas vinculadas a erupciones freáticas de edad pleistocena, generadas como consecuencia del ascenso de magma que sin llegar a la superficie interfiere con acuíferos someros o acumulaciones de aguas superficiales que son vaporizados dando origen a una intensa actividad explosiva. De este modo se produce la rotura  de los afloramientos cuarcíticos y se da lugar  a la formación de maares cuyo fondo está ocupado por lagunas temporales.   Se organizan estos cráteres sobre las fracturas que recorren  el piedemonte de la Sierra de Malagón desde Las Rabinadas hasta el río Bañuelos. Sobre estas fracturas se localizan también los manantiales termales de El Cristo del Espíritu Santo y Fuencaliente.  Las tres depresiones mayores están ocupadas por las lagunas de Nava Grande, Nava Chica y Nava de Enmedio, si bien se localizan a lo largo del territorio otras de menor tamaño al igual que ocurre en otros espacios del Campo de Calatrava afectados  por actividad hidromagmática 

En las proximidades de este complejo lagunar se encuentra el pantano de Gasset. Este embalse facilita la presencia de fauna avícola en época de sequía